VU MIF VSL STSC
Skaitmeninių tyrimų ir skaičiavimų centras, Virtualių skaičiavimų laboratorija
Naujienos
Dažnos problemos
Studentams
Darbuotojams
Administratoriams
Naudotojų sąrašai
Programų sąrašai
Debesų kompiuterija
Skaičiavimų tinklas
Microsoft Imagine
Belaidis tinklas
Kompiuterių tinklas
Budėjimo grafikas
Esant problemoms VU MIF kompiuterių tinkle rašykite adresu:
pagalba@mif.vu.lt .

 

Gaussian 03


Gaussian programos versija 03 Rev D.01 yra instaliuota kataloge /soft/gaussian/g03.

Gaussian gali naudoti tik gaussian grupės nariai.

Naudokite komandą g03slurm paleisti gaussian užduotis. Reikia nurodyti pradinį užduoties failą, procesorių kiekį, telkinį, eilę ir laiko limitą (minutėmis). Vienos užduoties procesorių kiekis yra apribotas telkinio vieno mazgo procesorių kiekiu. Gaussian programai skiriama 80% užduočiai skirtos atminties (RAM). Daugiau apie tai faile /soft/bin/g03slurm.

Daugiau informacijos apie Gaussian kurėjų puslapyje.


Tipiškas darbo su Gaussian scenarijus

$ ssh rolnas@uosis.mif.vu.lt
rolnas@uosis.mif.vu.lt's password: 
Linux linux4 2.6.32-5-xen-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 20:48:30 UTC 2012 x86_64
...
Last login: Fri Mar  9 14:49:50 2012 from matrix.mif
linux4:~> klist
Ticket cache: FILE:/tmp/krb5cc_1001
Default principal: rolnas@MIF

Valid starting     Expires            Service principal
03/10/12 11:07:02  03/11/12 11:06:58  krbtgt/MIF@MIF
linux4:~> ssh cluster
Linux lxibm102 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 16:22:28 UTC 2012 x86_64
...
Last login: Fri Mar  9 15:07:01 2012 from linux4.mif
lxibm102:~> mkdir -p /scratch/lustre/rolnas/gaussian
lxibm102:~> cd /scratch/lustre/rolnas/gaussian
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> cp ~/gaussian/input.com .
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> ls -l
total 0K
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas 1136 Mar 25  2006 input.com
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> g03slurm input.com 12 alpha long 2880
Submitted batch job 235
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> squeue
  JOBID PARTITION     NAME     USER  ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> ls -l
total 88K
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas  1136 Mar 25  2006 input.com
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas 67379 Mar 10 11:09 input.log
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> cp input.log ~/gaussian/
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gaussian> logout
Connection to cluster closed.
linux4:~  logout
Connection to uosis.mif.vu.lt closed.

Pastaba. Gaussian užduotys naudoja laikiną katalogą su pavadinimu input.scr, kur input - užduoties pradinio failo pavadinimas. Jeigu gaussian užduotis nutraukiama, tai gali tekti patiems jį ištrinti su komanda

> rm -rf input.scr

Pastaba. Dalis informacijos šiuose puslapiuose prieinama tik VU MIF kompiuterių tinklo naudotojams, pateikusiems savo VU MIF naudotojo vardą ir slaptažodį.
© 1999 - 2017 VU MIF Skaitmeninių tyrimų ir skaičiavimo centras