VU MIF VSL STSC
Skaitmeninių tyrimų ir skaičiavimų centras, Virtualių skaičiavimų laboratorija
Naujienos
Dažnos problemos
Studentams
Darbuotojams
Administratoriams
Naudotojų sąrašai
Programų sąrašai
Debesų kompiuterija
Skaičiavimų tinklas
Microsoft Imagine
Belaidis tinklas
Kompiuterių tinklas
Budėjimo grafikas
Esant problemoms VU MIF kompiuterių tinkle rašykite adresu:
pagalba@mif.vu.lt .

 

GAMESS-US


GAMESS-US programos versija 11 AUG 2011 (R1) yra instaliuota kataloguose /soft/GAMESS-sockets-Aug112011R1 ir /soft/GAMESS-mpi-Aug112011R1.

  • Užduočių paleidimui naudokite komandas gms arba gms_mpi.
  • gms_mpi naudoja MPI (mixed būdu) užduoties procesų paleidimui ir duomenų tarp jų apsikeitimui.
  • gms_mpi turėtų veikti greičiaui beta telkinyje, jei yra naudojama daugiau nei vienas mazgas.
  • Ilgesnėm nei 2d = 48h užduotims, būtinai nurodykite eilę (partition) verylong.
  • Ilgesnės nei 7d = 168h trukmės užduotys nevykdomos, todėl išskaidykite jas į trumpesnes.

Daugiau informacijos apie GAMESS-US kūrėjų puslapyje.


Tipiškas darbo su GAMESS scenarijus

$ ssh rolnas@uosis.mif.vu.lt
rolnas@uosis.mif.vu.lt's password: 
Linux linux4 2.6.32-5-xen-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 20:48:30 UTC 2012 x86_64
...
Last login: Fri Mar  9 14:49:50 2012 from matrix.mif
linux4:~> klist
Ticket cache: FILE:/tmp/krb5cc_1001
Default principal: rolnas@MIF

Valid starting     Expires            Service principal
03/10/12 11:07:02  03/11/12 11:06:58  krbtgt/MIF@MIF
linux4:~> ssh cluster
Linux lxibm102 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 16:22:28 UTC 2012 x86_64
...
Last login: Fri Mar  9 15:07:01 2012 from linux4.mif
lxibm102:~> mkdir -p /scratch/lustre/rolnas/gamess
lxibm102:~> cd /scratch/lustre/rolnas/gamess
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> cp ~/gamess/tests/exam01.inp .
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> ls -l
total 0K
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas 1136 Mar 25  2006 exam01.inp
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> gms -c alpha -q long -p 12 -w 1:0:0 exam01.inp
Submitting GAMESS job exam01.inp using 12 cores...
sbatch -N1 -c12 -J exam01 -C alpha -p long -o /dev/null -e /dev/null exam01.pbsjob
Submitted batch job 235
unset echo
Please do not erase exam01.script until after the SLURM job ends.
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> squeue
  JOBID PARTITION     NAME     USER  ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> ls -l
total 88K
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas 14141 Mar 10 11:09 exam01.dat
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas  1136 Mar 25  2006 exam01.inp
-rw-r--r-- 1 rolnas rolnas 67379 Mar 10 11:09 exam01.log
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> cp exam01.dat exam01.log ~/gamess/tests/
lxibm102:/scratch/lustre/rolnas/gamess> logout
Connection to cluster closed.
linux4:~  logout
Connection to uosis.mif.vu.lt closed.
Pastaba. Dalis informacijos šiuose puslapiuose prieinama tik VU MIF kompiuterių tinklo naudotojams, pateikusiems savo VU MIF naudotojo vardą ir slaptažodį.
© 1999 - 2017 VU MIF Skaitmeninių tyrimų ir skaičiavimo centras